२०१३ के रूप में, आनुवंशिक रूप से संशोधित खाद्य पदार्थों का कोई स्पष्ट वर्गीकरण नहीं है, और विभिन्न वर्गीकरण अभ्यास के अनुसार विभिन्न मानकों के अनुसार किया जा सकता है ।
आनुवंशिक रूप से संशोधित भोजन में मानक के रूप में आनुवंशिक रूप से संशोधित स्रोत होता है या नहीं, इसे निम्नलिखित तीन विभिन्न प्रकारों में विभाजित किया जा सकता है:
(1) आनुवंशिक रूप से संशोधित खाद्य पदार्थ जिनमें आनुवंशिक रूप से संशोधित खाद्य पदार्थ नहीं होते हैं, वे आनुवंशिक रूप से संशोधित जीवों से प्राप्त खाद्य पदार्थों को संदर्भित करते हैं, लेकिन उत्पादों में स्वयं कोई स्थानांतरित जीन नहीं होता है ।
(2) आनुवंशिक रूप से संशोधित खाद्य पदार्थों में आनुवंशिक रूप से संशोधित तत्व होते हैं, लेकिन प्रसंस्करण के दौरान उनकी विशेषताओं को बदल दिया गया है, और स्थानांतरित सक्रिय जीन अब आनुवंशिक रूप से संशोधित खाद्य पदार्थों में मौजूद नहीं हैं ।
(3) आनुवंशिक रूप से संशोधित खाद्य पदार्थों में सक्रिय आनुवंशिक घटक होते हैं। लोगों के ऐसे आनुवांशिक रूप से संशोधित जीव या भोजन खाने के बाद, स्थानांतरित जीन और जीवों के अंतर्निहित जीन मानव शरीर को प्रभावित करेंगे।