जो लोग आनुवंशिक रूप से संशोधित भोजन का विरोध करते हैं, उनमें ग्रीनपीस से लेकर किसान संघों से लेकर ईसाई चर्चों तक, और इसी तरह ब्याज समूहों की एक विस्तृत श्रृंखला शामिल है । उनका विरोध तीन क्षेत्रों में केंद्रित है:
सबसे पहले, आनुवंशिक संशोधन प्रकृति के खिलाफ है और इसलिए हानिकारक है । समर्थकों का कहना है कि आज की फसलें अब आदिम किस्म की नहीं रह गई हैं, अन्यथा लोग जो सब्जियां खाते हैं, वही घास जितनी जानवर खाते हैं, वही होनी चाहिए।
दूसरा, शाकनाशी प्रतिरोध या विषाक्त कीट-हत्या कार्यों के साथ जीन के बाद पौधों में पेश किए जाते हैं, क्या वे भोजन मनुष्यों के लिए सुरक्षित प्रदान करते हैं? इस बात के जवाब में समर्थकों ने इस बात पर जोर दिया कि अब तक किसी योग्य शोध संस्थान को इस बात के सबूत नहीं मिले हैं कि आनुवंशिक रूप से संशोधित खाद्य पदार्थ मानव स्वास्थ्य को नुकसान पहुंचाते हैं, लेकिन उनके दीर्घकालिक प्रभाव को केवल अनुमानित किया जा सकता है, और लोगों को समझाने के लिए व्यापक सबूत प्राप्त करना मुश्किल है ।
तीसरा, क्या यह संभव है कि आनुवंशिक रूप से संशोधित पौधों को बढ़ावा देने से कृषि और पारिस्थितिक पर्यावरण पर भी जल्दबाजी प्रभाव पड़ता है? आनुवंशिक रूप से संशोधित फसलों को बढ़ावा देना जो शाकनाशी के लिए प्रतिरोधी हैं, किसानों को शाकनाशी का अति उपयोग करने के लिए प्रोत्साहित कर सकते हैं, जिससे कुछ गैर-मुख्य फसलों को नुकसान हो सकता है या यहां तक कि विलुप्त हो सकता है । विकासशील देशों में कई किसान ऐसी गैर-मुख्य फसलों का उपयोग अनुपूरक भोजन के रूप में या आहार के रूप में कर रहे हैं । अमेरिकी मत्स्य पालन और वन्यजीव प्रशासन ने पता लगाया है कि ७४ पौधों की प्रजातियां शाकनाशी से प्रभावित हैं और खतरे में हैं ।