विशेष कार्यों के साथ जीन समान जंगली पौधों के उपभेदों के लिए "फ्लोट" करते हैं, जिससे उन्हें शाकनाशी के लिए प्रतिरोधी और नियंत्रित करना मुश्किल हो जाता है; या कीटनाशकों के खिलाफ एंटीबॉडी का उत्पादन करने के लिए कीट पैदा करना। इसके अलावा, कुछ छोटे जीव कीटनाशक कार्यों के साथ आनुवंशिक रूप से संशोधित पौधों को खाने के बाद विलुप्त हो सकते हैं। समर्थकों ने बताया कि कृषि उत्पादन अपने आप में एक ऐसी गतिविधि है जो पर्यावरण को नुकसान पहुंचाती है और आनुवंशिक रूप से संशोधित फसलों से पारंपरिक कृषि की तुलना में पर्यावरण को ज्यादा नुकसान नहीं होगा । पौधों में कीड़ों का विरोध करने की क्षमता होती है, और किसान कीटनाशकों के छिड़काव को कम कर सकते हैं, जो पर्यावरण और जैविक सुरक्षा के लिए फायदेमंद है।
ऐसे विवादों को कम समय में निष्कर्ष निकालना आसान नहीं होता। आनुवंशिक रूप से संशोधित फसलों के बारे में विवाद को एक सामान्य घटना कहा जाना चाहिए । सबसे पहले, नव विकसित किस्में स्वयं सही नहीं हैं, और मानव शरीर और पर्यावरण पर उनके मध्य से दीर्घकालिक प्रभाव देखने को मिलते हैं । लोग जायज कारणों से अपनी चिंताएं व्यक्त करते हैं । दूसरे, हमेशा कुछ रूढ़िवादी लोग होंगे जिन्हें नई प्रौद्योगिकी उत्पादों के लिए इस्तेमाल नहीं किया जाता है और उन्हें स्वीकार करने से इनकार करते हैं । इसके बाद हितों के व्यापारिक टकराव का असर होता है । कुछ देशों की सरकारें और हित समूह व्यापार युद्धों से लड़ने के लिए आनुवंशिक रूप से संशोधित खाद्य पदार्थों की अपर्याप्तता का उपयोग करते हैं, जिससे चीजें अधिक जटिल हो जाती हैं ।