हाई परफॉर्मेंस लिक्विड क्रोमेटोग्राफी (एचपीएलसी)

यद्यपि दो-आयामी जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस (2-डीई) पूरे प्रोटेम का विश्लेषण करने के लिए आमतौर पर उपयोग की जाने वाली विधि है, लेकिन इसकी सीमाएं हैं जैसे सीमित अलगाव की क्षमता, भेदभावपूर्ण प्रभाव और जटिल ऑपरेटिंग प्रक्रियाएं। बड़ी गतिशील रेंज, कम बहुतायत और हाइड्रोफोबिक प्रोटीन के विश्लेषण के लिए संतोषजनक परिणाम प्राप्त करना अक्सर मुश्किल होता है। चोंग एट अल पूर्व घातक और कैंसर प्रोटीन की अंतर अभिव्यक्ति की तुलना और विश्लेषण करने के लिए एचपीएलसी/मास स्पेक्ट्रोमेट्री का इस्तेमाल किया । प्रोटीन एचपीएलसी द्वारा अलग किया गया था, और एकत्र अंशों की पहचान माल्डी-टीटीएफ-एमएस द्वारा की गई थी, ताकि प्रोटीन को दो प्रकार की कोशिकाओं की अंतर अभिव्यक्ति में मात्रात्मक रूप से विश्लेषण किया जा सके । एक नए प्रकार की पृथक्करण तकनीक के रूप में, बहुआयामी तरल क्रोमेटोग्राफी में सापेक्ष आणविक द्रव्यमान और आइसोइलेक्ट्रिक बिंदु की सीमा नहीं होती है। विभिन्न तरीकों के संयोजन के माध्यम से, यह दो आयामी जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस के भेदभावपूर्ण प्रभाव को समाप्त करता है। इसमें उच्च शिखर क्षमता और आसान स्वचालन की विशेषताएं हैं। दो आयामी आयन विनिमय-रिवर्स चरण क्रोमेटोग्राफी (2D-आईईसी-आरपीएलसी) प्रोटेओमिक्स अनुसंधान में सबसे अधिक उपयोग किया जाने वाला बहु-आयामी तरल क्रोमेटोग्राफी पृथक्करण प्रणाली है।