प्रोटेओमिक्स जीन नियमन के गतिशील विवरण, जीन अभिव्यक्ति के प्रोटीन के स्तर का मात्रात्मक निर्धारण, जीवन प्रक्रियाओं पर रोगों और दवाओं के प्रभावों की पहचान और जीन अभिव्यक्ति विनियमन के तंत्र का स्पष्टीकरण पर केंद्रित है । एक विज्ञान के रूप में, प्रोटेओमिक्स अनुसंधान शून्य से नहीं है शुरू में, यह प्रोटीन (पेप्टाइड) प्रोफाइल और जीन उत्पाद मानचित्रण प्रौद्योगिकी का विस्तार है जिसका उपयोग 20 से अधिक वर्षों से किया जा रहा है। पेप्टाइड मैपिंग दो-आयामी जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस (2-डीई) और आगे छवि विश्लेषण पर निर्भर करता है; और जीन उत्पाद प्रोफ़ाइल जुदाई के बाद विश्लेषण की एक किस्म पर निर्भर करता है, जैसे बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमेट्री, अमीनो एसिड संरचना विश्लेषण, आदि।
वेरिएबल एडिटिंग और आरएनए एडिटिंग के अस्तित्व के कारण, कई जीन विभिन्न प्रोटीन की एक किस्म व्यक्त कर सकते हैं। इसलिए, प्रोटेम की जटिलता जीनोम की जटिलता से बहुत अधिक है।
यदि किसी प्रजाति के संपूर्ण जीनोम अनुक्रम को समझा जा चुका है, तो इसका अर्थ यह नहीं है कि उस प्रजाति के प्रोटेम को भी समझा गया है । जीन के प्रोटीन उत्पाद का विशिष्ट विश्लेषण जीनोम स्तर, प्रतिलेखन स्तर और अनुवाद स्तर को व्यापक रूप से संशोधित और विनियमित करके निर्धारित किया जाना चाहिए।