दो मुख्य पहलू हैं, एक संरचनात्मक प्रोटेओमिक्स है, और दूसरा कार्यात्मक प्रोटेओमिक्स है। इसकी अनुसंधान सीमाओं मोटे तौर पर तीन क्षेत्रों में विभाजित हैं:
(1) जीनोम या ट्रांसक्रिप्टोम डेटाबेस से संबंधित जीवों या ऊतक कोशिकाओं के लिए प्रोटेम या सबप्रोटेम और इसके प्रोटियोम लिंकेज समूह की स्थापना करें, अर्थात संविलियन प्रोटेओमिक्स।
(2) महत्वपूर्ण शारीरिक और रोग प्रणालियों या महत्वपूर्ण जीवन प्रक्रियाओं या प्रमुख मानव रोगों के लिए प्रक्रियाओं के स्थानीय प्रोटेओमिक्स या तुलनात्मक प्रोटेओमिक्स का प्रदर्शन करें।
(3) विभिन्न उन्नत प्रौद्योगिकियों के माध्यम से प्रोटीन के बीच बातचीत का अध्ययन करना और एक निश्चित प्रणाली के प्रोटीन को मैप करना, अर्थात इंटरैक्टिव प्रोटेओमिक्स, जिसे "सेल एटलस" प्रोटेओमिक्स के रूप में भी जाना जाता है।
इसके अलावा, प्रोटेओमिक्स अनुसंधान के गहराने के साथ, कुछ नए शोध निर्देश उभरे हैं, जैसे उपकोशिकीय प्रोटेओमिक्स और मात्रात्मक प्रोटेओमिक्स। प्रोटेओमिक्स सिस्टम जीव विज्ञान का एक महत्वपूर्ण शोध तरीका है।